После возвращения из феодальной Японии Бэтмен обнаруживает, что мир изменился: Лига справедливости исчезла, а Япония парит в небе и засылает на Готэм «дождь из якудза» — преступники буквально падают с неба. Вместе с Робином Тёмный рыцарь отправляется на летающий остров, где встречает альтернативные версии своих бывших соратников, которые теперь сражаются на стороне кланов якудза.

Самый опасный из противников — Кураку (человек из стали), альтернативная версия Супермена, воспитанная Ра’с аль Гулом. Он верит, что люди по природе злы и нуждаются в сильном злом правителе, но в финале переживает перемену — после встречи с настоящим Суперменом он осознаёт, что они с ним похожи, и встаёт на путь героя.

Бэтмен и его союзники противостоят также другим членам «Лиги якудза»: Зешике (Эмеральд Рэй — альтернативная Джессика Круз/Зелёный Фонарь), Аше (Аква Дракон — альтернативный Аквамен) и Бари (Флитфут — альтернативный Флэш). Помогают Бэтмену члены клана Амазон (Амазон Бригейд), которые защищают уязвимых женщин от других кланов. Их возглавляет Даяна — Орлиная богиня (альтернативная Чудо-женщина).

В финале Бэтмен и его союзники восстанавливают порядок в обоих мирах.